聚糖酶的纯化技术与纯度是决定其生产成本及市场竞争力的重要因素。在传统工艺中，微生物产木聚糖酶大部分是通过色谱法得到纯化。虽然色谱法具有较高的分辨率，但多步纯化耗时、回收率低，不适合高纯度木聚糖酶的产业化生产。目前，研究者在研究基于双水相纯化技术(AqueousTwo-Phase，ATPS)的衍生技术、三相分离体系(Three-phasChemicalbookepartitioning，TPP)和扩张床吸附技术(Expandedbedadsorption，EBD)。通过TPP纯化Aspergillusniger木聚糖酶，活性回收率达60%，纯化倍数达95倍。用扩张床吸附技术纯化木聚糖酶，虽然只有21.8%的活性回收率和30倍纯化，但该技术有经济、省时、木聚糖酶发酵液不需沉淀澄清等优点。

木聚糖酶在造纸中的应用制浆和造纸工业中常常用氯来进行漂白，将对环境造成一定的破坏。而木材半纤维素主链中的两种基本成分是木聚糖和葡Chemicalbook甘露聚糖，木聚糖酶能够水解木聚糖，它能增强纸浆纤维的多孔性，有利化学药品的渗透，从而提高木质素的提取率，用少量的氯来达到漂白效果。