分离纯化环节围绕分离除去IMO-50型低聚异麦芽糖中的葡萄糖、麦芽糖和其他非IMO的低聚糖，提高IMO纯度，常用的方法有三种：酵母发酵消耗、色谱分离纯化、膜过滤浓缩。a.酵母对不同碳源的利用能力和消耗速度不同，低聚异麦芽糖一般不能被酵母所利用，而葡萄糖和麦芽糖却是酵母的良好碳源.b.色谱分离技术是一种相对成熟、适用于工业化生产的技术，它利用待分离物质在分离介质中迁移速度的不同来实现不同组分的分离，目前广泛应用在食品、医药、水处理Chemicalbook等领域：如制备色谱已广泛应用于医药领域中手性药物的分离，大型连续化离交设备用于水处理，大型的模拟移动床制备色谱用于果糖和葡萄糖的分离。同样，该技术也可用于功能糖的分离。c.膜技术是用天然或人工合成的有机膜或无机膜，以外界能量或化学位差为推动力，对多组分溶液进行分离、分级、提纯或富集的方法。包括反渗透、超滤、微滤、纳滤、电渗析、膜电解、扩散渗析、透析等，在功能糖的分离纯化过程中应用广泛，如麦芽糖醇、赤藓糖醇、低聚异麦芽糖的分离纯化。