酶催化和分离纯化是制备高纯度低聚异麦芽糖的关键环节。（1）酶催化环节酶催化环节是低聚异麦芽糖生产的关键环节，α-葡萄糖转苷酶是生产过程中最关键的一种酶。近些年来，国内外对该环节的研究主要集中在以下几方面：一是提高α-葡萄糖转苷酶的转化效率或筛选高产α-葡萄糖转苷酶的菌株；二是进行酶固定化和细胞固定化研究，以实现连续生产。微生物中细菌、酵母、霉菌均能产生α-葡萄糖转苷酶，其中以黑曲霉产酶活力，因此，国内外有诸多研究采用诱变手段和基因工程的手段来提高黑曲霉葡萄糖转苷酶的表达和分泌。（2）分离纯化环节围绕分离除去IMO-50型低聚异麦芽糖中的Chemicalbook葡萄糖、麦芽糖和其他非IMO的低聚糖，提高IMO纯度，常用的方法有三种：酵母发酵消耗、色谱分离纯化、膜过滤浓缩。a.酵母对不同碳源的利用能力和消耗速度不同，低聚异麦芽糖一般不能被酵母所利用，而葡萄糖和麦芽糖却是酵母的良好碳源.b.色谱分离技术是一种相对成熟、适用于工业化生产的技术，它利用待分离物质在分离介质中迁移速度的不同来实现不同组分的分离，目前广泛应用在食品、医药、水处理等领域：如制备色谱已广泛应用于医药领域中手性药物的分离，大型连续化离交设备用于水处理，大型的模拟移动床制备色谱用于果糖和葡萄糖的分离。同样，该技术也可用于功能糖的分离。