该法具有较高的特异性和快速温和等特点,但反应需要高能物质UDP或高浓度磷酸盐,而且磷酸化酶极不稳定,转化率只有60%,难于实现大规模的工业化生产;（2）在一些非常见细菌,如脂肪杆菌和某些耐热菌中发现一种海藻糖合成酶(trehalosesynthase),它能将A,A-1,4-麦芽糖在分子内重组成A,A-1,1-海藻糖。该酶具有较严格的底物专一性,只作用于麦芽糖生成海藻糖及从海藻糖生成麦芽糖,前者的反应明显优于后者。3.以淀粉为底物以淀粉为底物生产海藻糖也有两条途径:条途径是利用Chemicalbook葡萄糖基转移酶(glycosyltransferGTase)和淀粉酶(amylase)将淀粉转化成海藻糖,转化率可达8115%,这类酶广泛存在于硫化叶菌科中,第一种酶是分子内转糖基酶,将麦芽寡糖水解产生的葡糖基转移到麦芽寡糖还原末端葡糖基C1-OH位置,产生A,A-1,1-葡糖基海藻糖;淀粉酶水解葡糖基海藻糖生成海藻糖和麦芽寡糖,该酶仅切割各种葡糖基海藻糖中与海藻糖相邻的A,A-1,4-糖苷键,是一种新型A-淀粉酶。这两种酶热稳定性好,淀粉价格便宜,可望成为工业生产海藻糖的新途径。