最普遍采用的巴氏灭菌法是高温短时间灭菌（HTST)，即把生奶加热到70℃～72℃，历经12～15秒钟，巴氏灭菌的工艺过程可以分为如下六个程序：

利用刚处理过的鲜奶的余热来加热新送来的生奶，可将它加热到57℃左右。

通过热水管将奶加热到72℃，并保持规定的时间。

在72℃下，保持时间不超过15秒钟6实际生产的工艺是把生奶送入管道，控制奶的流量，保证奶的受热温度达到72℃和准确的持续时间。然后，把奶输送到第一阶段系统的另一端，在那里把新送进来的生奶预热，同时其本身也受到冷却。

在热交换器内把热奶冷却到57℃左右。

冷却后，继续用冷水把奶冷却到24℃。根据冷水的供水条件和季节的不同，可能稍高或稍低。

最后阶段，把奶冷却到3℃。灌装后奶的温度保持在4℃～6℃，即可从奶厂发运销售。所有的巴氏灭菌都把结核菌作为微生物的控制指针。