以动物皮、骨等为原料，胶原蛋白在生物酶的催化下水解成小肽，反应条件温和，生产过程中无有害副产物生成，但水解后的多肽分子量分布范围广，分子量不均。2010年前该方法在胶原蛋白肽制备领域应用较为普遍。

第三代制备技术：生物酶解+膜分离法

以动物皮、骨等为原料，胶原蛋白在蛋白质水解酶的催化下水解成小肽，然后采用膜过滤的方法控制分子量的分布；反应条件温和，生产过程中无有害副产物生成，产物多肽分子量分布窄，分子量可控；该技术在2015年前后陆续获得应用。

第四代制备技术：胶原提取与酶解过程分离的多肽制备技术

以胶原的热稳定性研究为基础，在临界热变性温度附近对胶原进行提取，采用生物酶对提取的胶原进行酶解，然后采用膜过滤的方法控制分子量的分布。通过温度控制实现胶原提取过程不变性，减少美拉德反应的发生，抑制有色物质的形成。反应条件温和，多肽分子量均一、范围可控，并能减少挥发性物质的产生，抑制腥味，是2019年为止最为先进的胶原蛋白肽制备工艺。