纳他霉素被用于，包括假丝酵母、曲霉菌、镰刀霉等，也被用作眼药水或者口腔药剂中，在这些应用中，人体对纳他霉素的吸收较少。口服时，基本没有从胃被吸收，因此使它不适用为系统传染的药物。纳他霉素在眼药水中也有应用，其5%的纳他霉素含量适用于微生物引起的真菌性睑炎、和，包括腐皮镰刀菌。

纳他霉素——近白色或奶油黄色结晶粉末。是一种无臭、无味，低剂量且安全性高的食品防腐剂。纳他霉素(Natamycin)，是由纳他链霉菌受控发酵制得一种白色至乳白色的无臭无味的结晶粉末，通常以烯醇式结构存在。它的作用机理是与真菌的麦角甾醇以及其他甾醇基团结合，阻遏麦角甾醇生物合成，从而使细胞膜畸变，最终导致渗漏，引起细胞死亡。在焙烤食品用纳他霉素对面团进行表面处理，有明显的延长保质期作用。

溶解度：微溶于水，难溶于大部分有机溶剂。室温下水中溶解度为30~100mg/L。pH低于3或高于9时，其溶解度会有提高，但会降低纳他霉素的稳定性。