空间结构

它们通过多肽链的盘曲折叠，组成一个在酶分子表面、具有三维空间结构的孔穴或裂隙，以容纳进入的底物与之结合并催化底物转变为产物，这个区域即称为酶的活性中心。不过酶的活性中心（active center）只是酶分子中的很小部分。酶催化反应的特异性实际上决定于酶活性中心的结合基团、催化基团及其空间结构。

而酶活性中心以外的功能集团则在形成并维持酶的空间构象上也是的，故称为活性中心以外的基团。

通常有习惯命名和系统命名两种方法。

习惯命名

常根据两个原则：

1.酶的作用底物，如淀粉酶；

2催化反应的类型，如脱氢酶。

也有根据上述两项原则综合命名或加上酶的其它特点，如琥珀酸脱氢酶、碱性磷酸酶等等。