蛋白酶通常都是用发酵法制备的。其用途十分广泛。食品工业(酱油酿造、制乳酪、制面包、点心、通心粉、肉类加工、酿酒、制蛋白水解物、脱腥、氨基酸调料、凝乳、嫩Chemicalbook肉粉等);日用化学工业(洗涤剂添加剂、牙膏、化妆品等)；皮革工业(脱毛、软皮)；制明胶；制胶原纤维；制药；处理废感光胶片；饲料工业、石油工业(脱蜡)等。

蛋白酶对其水解的肽键邻近的基团有一定的专一性要求，例如，羧肽酶和氨肽酶分别要求其作用的肽键邻近有游离的羧基和氨基;胰凝乳蛋白酶要求其水解肽键的羧基端为芳香族氨基酸(酪氨酸或色氨酸等)，而胰蛋白酶则要求为碱性氨基酸(赖氨酸或精氨酸等)。生产蛋白酶菌种可选作大规模生产蛋白酶的菌种种类很多，例如：①产碱性蛋白酶的如地衣芽孢杆菌(Bacilluslicheniformis)、短小芽孢杆菌(B.pumilus)、嗜碱芽孢杆菌(B.alcalophilus)、灰色链霉菌(Streptomycesgriseus)和弗氏链霉菌(S.fradiae)等;②产中性蛋白酶的如枯草芽孢杆菌(B.subtChemicalbookilis)和栖土曲霉(Aspergillusterricola)等;③产酸性蛋白酶的如黑曲霉(A.niger)和宇佐美曲霉(A.usamii)等。水解蛋白方式蛋白酶水解蛋白质的方式有：①切开蛋白质分子内部肽键，生成相对分子质量较小的多肽类;②切开蛋白质或多肽分子氨基或羧基末端的肽键，而游离出氨基酸;③水解蛋白质或多肽的酯键;④水解蛋白质或多肽的酰胺键。