低聚果糖主要有两大类生产工艺，一种是以蔗糖为原料，利用微生物发酵生产的β-果糖基转移酶或β-呋喃果糖苷酶转化而成；另一种是以菊粉为原料，采用酶水解生成。中国、日本和韩国等国家的主流生产方法是第一种方法，以蔗糖为原料，利用黑曲霉、镰刀霉、日本曲霉等菌种分泌的β-呋喃果糖苷酶和卢-果糖基转移酶进行酶反应，依次经过滤、净化、精制和浓缩而得到成品。工业生产上一般采用黑曲霉等产生的果糖转移酶作用于高浓度（50%-60%）的蔗糖溶液，经过一系列的酶转移作用而获得低聚果糖产品。低聚果糖的生产工艺，已从代的液态发酵技术、第二代的固定化细胞催化技术，发展到第三代固定化酶催化生产技术。

（一）酶水解法

以菊芋为原料生产工艺流程：

菊芋→菊粉→水解→过滤→脱色→脱盐→浓缩→低聚果糖

此法生成的低聚果糖链较长。