，碳水化合物总含量大都在50%以上，而强化的多聚果糖含量一般仅为0.5%～2.0%，甚至不足0.1%，采用色谱法测定多聚果糖其干扰物质较多，且能测定聚合度为2～4的低聚果糖部分；酶联免疫法通过测定样品酶解前后果糖与蔗糖含量，进而计算得出多聚果糖含量，因试剂盒的稳定性、准确性等原因，其结果的准确性与重复性不甚理想；美国AOAC标准中制定的总果聚糖离子色谱法与分光光度法使用β-淀粉酶、普鲁兰酶、麦芽糖酶、外切菊粉酶、内切菊粉酶等多种酶酶解后测定，操作步骤复杂、结果重复性差。

多聚果糖本身成分复杂，主要是由聚合度为2～60的果聚糖组成，其中低聚果糖（聚合度为2～8）可溶于乙醇，而更高聚合度的果聚糖则属于不溶于乙醇，因此乙醇提取并沉淀蛋白方式也不适用于乳粉类样品中多聚果糖的测定，多聚果糖只能采用果聚酶水解的间接方法测定