这类工艺最大的缺点：

1、生产时间长，生产中添加了大量有毒性的防腐剂（否则物料就会变质，部分甜菊糖会损耗掉）；

2、添加絮凝剂，絮凝下来的悬浮杂质及活性炭脱色吸收了部分的产品，甜菊糖收率降低；

3、采用板框压滤除掉絮凝剂等悬浮杂质，生产环境很差，生产环境很难达到食品添加剂生产要求；

4、生产中离子交换和大孔树脂的大量使用，耗费掉大量的水资源和化工原料资源，同时大量树脂洗脱有毒的废水很难用生化处理，给企业带来沉重的经济负担和环保压力。

世界各国对甜菊糖的使用一直有争议。新加坡、香港，澳门相继停售怀疑含有可能致的添加剂甜菊糖食品，使这种争议再次激烈化。我国卫生部法制与监督司有关人士表示，卫生部对甜菊糖的安全性问题十分重视。同时指出，世界卫生组织和联合国粮农组织联合食品添加剂委员会曾于1998年对甜叶菊糖进行安全性评价，未作出甜叶菊糖甙对人体健康有害的评价结论。