甲硫氨酸是提供甲基（methyl group）的重要氨基酸，若无维生素B6存在，此作用不能进行。很多的碳化作用不得进行，如要合成脂肪、胺基酸碳架等。

与色氨酸转化成烟碱酸有关，tryptophan→nicotinic acid，若缺乏维生素B6时，即产生中间代谢物---黄尿酸（xanthurenic acid），此物质会在体内破坏胰脏β细胞，最后导致的发生。在，以验尿液中黄尿酸多寡来判断有无维生素B6缺乏症，若黄尿酸含量太多，即表示罹患维生素B6缺乏症。

肝糖转变为葡萄糖所需，有维生素B6的存在，glycogen phosphorylase 可加糖的分解成葡萄糖。

将脂肪酸亚麻油酸（linoleic acid--18C）转化成花生油酸（arachidonic acid--22C）所需，若缺乏此酸，则会造成，严重者甚至会因细胞膜变性而引起身体不适。

辅脢-A（co-enzyme A）的合成有关，若缺乏维生素B6，阻碍辅脢-Co-A的合成。辅脢-Co-A组成分中有泛酸、腺嘌呤（adenine）等，是能量产生的相关物质，为acetyl Co-A还原所需，而acetyl Co-A在粒腺体内可直接合成脂肪外，acetyl Co-A亦涉及氨基酸合成及能量产生的生化作用，是一非常重要的物质。