琼脂由琼脂糖（Agarose）和琼脂果胶（Agaropectin）两部分组成，

作为胶凝剂的琼脂糖是不含硫酸酯（盐）的非离子型多糖，是形成凝胶的组分，其大分子链链节着1，3苷键交替相连的β-D-半乳糖残基和3,6-内醚-L-半乳糖残基。而琼脂果胶是非凝胶部分，是带有硫酸酯（盐）、葡萄糖醛酸和丙酮酸醛的复杂多糖，也是商业提取中力图去掉的部分。商品琼脂一般带有2%～7%的硫酸酯（盐），0%～3%的丙酮酸醛及1%～3%的甲乙基。在工业上的琼脂 色泽由白到微黄，具有胶质感，无气味或有轻微的特征性气味，琼脂不溶于冷水，易溶于沸水，缓溶于热水。

琼脂系选用优质天然石花菜、江蓠菜（ Gracilaria）、紫菜（porphyra）等海藻为原料，采用科学方法精炼提纯的天然高分子多糖物质。含有多种元素，并具有、之功能。