先将紫草根用清水快速洗净，控干水分，然后用正己烷按 1：4～5（料：液）比例浸泡紫草根，在恒温40℃下动态浸提2 h，按此重复浸提3遍，合并3次浸提液，用250目尼龙纱过滤，滤液用旋转蒸发仪进行减压浓缩（恒温50～60℃、真空度80～93 kPa）回收正己烷。浓缩体积以能倒出量为准，然后取出用蒸发皿继续在水浴锅上浓缩（60℃），除净残留的正己烷，待浓缩液呈黑红色粘稠状为止。再将浓缩膏按1：2～2.5比例加入乳化剂吐温 80，在充分搅拌下进行乳化，然后加水稀释，使之充分溶解后，用NaOH调解成兰色，充分搅匀后再用HCl调回为红色，将调好的溶液按1：10比例加入糊精，用喷雾干燥机进行干燥，得粉红色粉末状产品。

紫草红色素易氧化，所以在生产过程中，应避免双氧水和亚硫酸钠；抗坏血酸能够使紫草红色素的稳定性下降，并且随着抗坏血酸的溶度增加，稳定性下降越快，所以在紫草色素参加的工艺中，不宜用抗坏血酸来做抗氧剂；pH对其稳定性影响很大，而温度对稳定性影响不大，说明紫草红色素有良好的热稳定性，但是紫草红色素在高温下变色加快，所以在使用中应避免高温对它的影响，可以在室温或低温下加以贮藏。